Непосредственное руководство Институтом осуществляет директор ИНО, который реализует принцип единоначалия и избирается Ученым советом университета. Принцип коллегиальности обеспечивается деятельностью Ученого совета ИНО, Методической комиссией ИНО, Аттестационной комиссией ИНО, Стипендиальной комиссией ИНО, действующих на основании соответствующих положений. Текущие вопросы деятельности Института рассматриваются и решаются на служебных совещаниях при директоре ИНО.

          Все решения и постановления коллегиальных органов управления Института вводятся в действие распоряжением директора, после чего они становятся обязательными для исполнения всеми сотрудниками Института.